Η Σούγια απέχει 70 χιλιόμετρα από τα Χανιά, στα νότια παράλια της Κρήτης. Είναι κτισμένη δυτικά των εκβολών του χειμάρου Αγιερηνιώτη, ο οποίος διασχίζει το φαράγγι της Αγίας Ειρήνης, το οποίο καταλήγει κοντά στη Σούγια. Η αμμώδης παραλία της Σούγιας έχει μήκος περίπου 1,5 χιλιόμετρο και το πλάτος της φτάνει τα 70 μέτρα. Το δυτικό άκρο της είναι μπροστά από τον οικισμός και είναι οργανωμένο, ενώ το ανατολικό της άκρο είναι παραλία γυμνιστών. Σε αυτό σημείο βρίσκονται μέσα στη θάλασσα μεγάλοι βράχοι και σχηματίζεται ένας κολπίσκος.
Κατά την αρχαιότητα, στη θέση της Σούγιας βρισκόταν η πόλη Συία, της οποίας το όνομα φέρει παραφρασμένο και ο σύγχρονος οικισμός. Η Σύια ήταν επίνειο της Ελύρου και πήρε το όνομά της από τα γουρούνια (αρχαία ελληνικά συς), τα οποία εκτρέφονταν εκεί τρώγοντας βελανίδια. Κοντά στη Σούγια βρίσκεται επίσης και η αρχαία Λισσός, επίσης επίνειο της Ελύρου. Η Σύια λόγω της στρατηγικής θέσης της Κρήτης άκμασε κατά την ρωμαϊκή και πρώτη βυζαντινή περίοδο, από όταν σώζονται μερικές οικίες και τμήμα υδραγωγείο στο ανατολικό τμήμα της κοιλάδας. Η Συία καταστράφηκε τον 9ο αιώνα από τους Σαρακηνούς. Τα μετέπειτα χρόνια μάλλον ήταν ψαροχώρι των χωριών της ενδοχώρας, όπως το Κουστογέρακο.
Ο σημερινός οικισμός είναι πρόσφατος. Αναφέρεται για πρώτη φορά στην κρητική απογραφή του 1900, όταν είχε 16 κατοίκους. Η Σούγια άρχισε να αναπτύσσεται μετά τον Β΄ ΠΠ, αλλά δεν διέθετε ακόμη οδική σύνδεση με την ενδοχώρα και επικοινωνούσε ακτοπλοϊκώς με τον Πειραιά. Με την οδική σύνδεση με την ενδοχώρα, η ανάπτυξή της σταμάτησε. Την δεκαετία του 1960 και ιδίως του 1970, έγινε δημοφιλής τουριστικός προορισμός για τους χίπηδες. Σήμερα στη Σούγια λειτουργούν μερικά ξενοδοχεία και ταβέρνες για να εξυπηρετήσουν τους τουρίστες.